wikiトップ/html/テーマ名/ファイルID.htmlとなりますが、
wikiトップ/ファイルID.htmlのような感じにしたい場合、
RewriteEngine onこんな感じでいけると思います。
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^html/([^/]+)/([^/]+).html$ read.cgi?THEME=$1&FILE=$2 [L]
RewriteRule ^$ html/3column/VE9Q.html [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^([^/]+.html)$ html/3column/$1 [L]